Achtung: Anhalter könnten entflohene Testsubjekte sein!

Im Mittelpunkt der Story steht das im Kalten Krieg im Auftrag der US-Regierung vom Konzern Gentek entwickelte Blacklight-Virus, der eine Revolution in der biologischen Kriegsführung werden sollte. Leider verlaufen derartige Aktionen nur in den seltensten Fällen nach Plan und so fiel nach kurzer Zeit eine Kleinstadt dem Virus zum Opfer. Die einzige Überlebende des Vorfalls, genannt Mother, wurde fortan zwecks dubioser Experimente unter Verschluss gehalten, da sie weiterhin das Virus in sich trug. 2008 wurde Gentek-Wissenschaftler Alex Mercer ebenfalls mit dem todbringenden Mittel infiziert, jedoch erlangte er dadurch Superkräfte, die er dazu benutzte Mother aus dem Verkehr zu ziehen und einen Nuklearschlag gegen Manhattan zu vereiteln. 14 Monate sind nun vergangen, seit in New York City der Blacklight-Virus freigesetzt wurde. Als Folge des Quarantäne-Status hat man die Stadt in New York Zero umgetauft, welche man je nach Blacklight-Befall in drei verschiedene Abschnitte eingeteilt hat. Die grüne Zone ist bislang weitestgehend unbefallen, erkauft wird diese Sicherheit durch die allgegenwärtigen Blackwatch-Sicherheitstruppen. In der gelben Zone hat man die ärmeren Schichten in Wellblechhütten eingepfercht, außerdem munkelt man, dass Blackwatch an den Bewohnern Versuche vornehmen würde. An dritter und letzter Stelle steht die rote Zone, welche als das Refugium von Alex Mercer gilt. Dort zirkuliert das Virus fröhlich vor sich hin, bis auf gefährliche Infizierte ist dieser Bereich absolutes Niemandsland.

Die schlechte Nachricht: Heller ist mit dem Blacklight-Virus infiziert.

In diese Stadt kehrt auch der neue Protagonist namens James Heller nach einem Einsatz im Mittleren Osten zurück und freut sich auf ein Wiedersehen mit Frau und Tochter. Daraus wird leider nichts, denn Hellers Familie wurde in seiner Abwesenheit von den Vorkommnissen in New York Zero dahingerafft. Jeglichen Lebenswillen verloren schließt Heller sich einer Spezialeinheit an und wünscht sich nichts sehnlicher als bei einem Angriff auf Mercer ebenfalls sein Leben zu verlieren. Dieser Wunsch wird ihm perfiderweise von dem mutmaßlichen Mörder seiner Familie verwehrt und Heller wird ebenfalls mit dem Blacklight-Virus infiziert. Das setzt ihn zwar automatisch auf die Abschussliste von Blackwatch, aber dafür kann er seiner Nemesis auf Augenhöhe begegnen, da er fortan über erhöhte Stärke, Agilität und Ausdauer verfügt und andere Fähigkeiten verfügt. Hauptziel des Spiels ist es den eigenen "Gönner" zu stellen und Rache zu nehmen, doch dafür muss er erst einmal aufgespürt werden. Im Spielverlauf wird es den Spieler in die verschiedenen Zonen versetzen, die entweder frei erkundet oder nach Missionszielen abgearbeitet werden. Was ihr als nächstes machen wollt, bleibt immer eure Entscheidung. Ihr könnt entweder die Story durch die Hauptmissionen weiterspielen oder vertreibt euch die Zeit mit einer der zahlreichen Nebenmissionen. Solche Abschnitte versorgen euch zwar mit nützlichen Informationen und Upgrades für eure Mutationen, die in den Bereichen "Offense", "Defense" und "Locomotion" investiert werden. Auswirkungen auf die Story haben solche Aktionen jedoch nicht, ihr bekommt immer dieselbe Endsequenz zu sehen.